Решението беше да се прекомпилира с флага -mno-ms-bitfields. Отне ми три дена да го намеря проблема, наистина много време бачках над това хора, писането на кода да пише по COM порта не беше много, но реструктурирането заради libusb беше голямо, после голямото гонене на защо не копа.

Като поразчистя кода(много е разхвърлен сега), ще го постна тук. Само дето нещо(това го има и под Ubuntu с оригиналния код ползващ libusb) копа с няколко GH/s по-слаба и от време на време скача на над 7Gh/s.