Според мен трябва да се направят 2 неща.
1. Да се добави опция за изтриване на транзакции от Bitcoin-QT и/или автоматично да изтрива дублирани транзакции.
2. МтГокс и другите борси, да не разчитат само на TxID за проследяване на теглене, спокойно могат да добавят в базата и входовете и изходите на транзакцията заедно със сумите. Така при повдигнат диспут от страна на клиент могат много лесно да проверят транзакцията и ако я няма просто да погледнат за друга със същите данни.
Разбира се може нацяло да се избегне проблема, но предполагам ще трябва всички да си сменим портфейлите.